Der Fachbereich Kirche im Pastoralen Raum bündelt alle Organisationseinheiten rund um die neu errichtenen Pastoralen Räume im Bistum Münster. Leiter des Fachbereichs ist Christian Wacker.
Als Schnittstelle zwischen dem Bischöflichen Generalvikariat und den Zentralrendanturen kümmert sich das Referat unter anderem um die Geschäftsführung der Gremienarbeit, die Qualitätsüberprüfung, Abwicklung und Koordination der laufenden Geschäftsaufgaben innerhalb der Abteilung.
Vor dem Hintergrund deutlich zurückgehender Zahlen bei Katholiken, beim Gottesdienstbesuch, beim Seelsorge-Personal und bei den finanziellen Mitteln sind die Pfarreien des Bistums Münster am 1. Januar 2024 neu errichteten Pastoralen Räumen zugeordnet worden.
Die Abteilung Kirchengemeinden unterstützt die Pfarreien und Zentralrendanturen bei ihrer Arbeit vor Ort in den Bereichen Finanzen, Bauen, Grundstücksverkehr, Personal und Koordination sowie Tageseinrichtungen für Kinder.
Die Abteilung Kirchen- und Pastoralentwicklung unterstützt die Pastoralen Räume, Pfarreien und andere Verantwortliche bei ihrer Arbeit in den pastoralen Feldern von Gottesdienst und Katechese, Jugendpastoral und Büchereien sowie den Themen der Kirchenentwicklung und durch die Kirchliche Organisationsberatung.