Im Jahr 1659 hatten sich die ersten Kapuzinerbrüder in Werne niedergelassen und lebten zunächst in einem Wohnhaus. Da innerhalb der Stadtmauern kein Platz für ein Kloster war, schenkte die Stadt ihnen ein Gelände direkt an der Stadtmauer. Nach zweijähriger Bauzeit zogen im Jahr 1673 elf Ordensbrüder in das neue Kloster ein. In den folgenden Jahren wurde auch die Klosterkirche errichtet.
Heute ist das Kloster auch das Seniorenkloster der Provinz. Aktuell leben dort neun Kapuziner – alle im vorgerückten Alter und mit gesundheitlichen Einschränkungen, zwei Brüder verbringen im Pflegeheim St. Katharina ihren Lebensabend und sind dem Konvent zugeordnet.
Die Menschen in Werne haben eine enge, über die Jahrhunderte gewachsene Beziehung zum Kloster. Sie werden von den Kapuzinerbrüdern begleitet und unterstützen diese im Gegenzug durch ideelle, finanzielle und ehrenamtliche Mitarbeit. So etwa der Freundeskreis des Klosters und die Kolpingsfamilie, deren Mitglieder Pforten- und Hausmeisterdienste im Kloster übernehmen. Eine Gärtnergruppe pflegt und bewirtschaftet den barocken, öffentlich zugänglichen Klostergarten. Dort finden in jedem Jahr verschiedene Feste wie das "Plätzerfest" am 29. Juni, dem Gedenktag der Klosterpatrone Petrus und Paulus, und das Oktoberfest im Herbst statt.
Großer Beliebtheit erfreut sich auch die Werne-Werl-Fußwallfahrt, die im Jahr 1627 auf Initiative der Kapuziner, damals auch Wallfahrtsseelsorger in Werl, ins Leben gerufen wurde. Das ganze Jahr über sind zudem Pilgerinnen und Pilger, beispielsweise auf dem Jakobsweg von Osnabrück über Münster nach Werne und weiter in Richtung Santiago de Compostela in Spanien, als Übernachtungsgäste in der Pilgerherberge des Klosters willkommen.
P. Norbert Schlenker OFMCap